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摘要：随着生物、化学和计算机技术的飞速进展，人类获取的化合物数量也与日俱增，传统的药物发现策略逐渐被合理药物设计所替代，计算机辅助药物设计是最广泛利用的合理药物设计策略，其中，虚拟筛选是计算机辅助药物设计最核心的策略之一。虚拟筛选可分为基于受体虚拟筛选和基于配体虚拟筛选两种策略。当靶标蛋白结构未知的情况下，采取基于配体的虚拟筛选策略对化合物数据库进行筛选，目的是获得更好活性、新结构的先导化合物。最常用的基于配体虚拟筛选策略包括基于药效团模型和基于定量构效联系筛选策略，两者各有其适用范围及优缺点。在近年来的实际运用中，将多种虚拟筛选策略合理组合利用获得了较多的成功，因而成为虚拟筛选探讨的主要方向。尽管目前已有一些大型的计算机辅助药物设计商业软件平台，这些平台可以提供组合的虚拟筛选流程写作怎么写作，但是这些商业软件平台一般都极其昂贵。本论文探讨开发了集成的基于配体虚拟筛选软件平台，该平台基于分子视图软件VMD提供的开发接口，建立了一个基于配体虚拟筛选的插件，采取TCL语言编写。插件结合了VMD的分子可视化功能，可以执行分子格式转换、药效团识别、药效团筛选、定量构效联系筛选等一系列任务。利用者可根据需要进行基于药效团模型虚拟筛选，基于定量构效联系模型虚拟筛选，或者两者结合进行虚拟筛选。实验结果验证了平台的有效性。同时，作为一个开放的软件平台框架，该平台可以结合更多其他开源软件创建新的运用，具有很好的可扩展性。关键词：计算机辅助药物设计论文虚拟筛选论文受体论文配体论文药效团论文定量构效联系论文
摘要4-5
Abstract5-6
目录6-8
第一章 引言8-14
1.1 计算机辅助药物设计介绍8-11
1.1.1 概述8-9
1.1.2 CADD 分类9-10
1.1.3 基于受体的药物设计策略10
1.1.4 基于配体的药物设计策略10-11
1.2 基于药效团模型的虚拟筛选11-12
1.3 基于定量构效联系模型的虚拟筛选12
1.4 论文探讨的主要内容和工作12-14
第二章 筛选平台涉及的底层软件介绍14-17
2.1 PharmaGist14-16
2.2 DemQSAR16-17
第三章 虚拟筛选平台的总体设计17-24
3.1 平台开发的软件环境17-19
3.2 平台系统架构19-21
3.3 平台功能实现流程图21-24
第四章 虚拟筛选平台的实验测试结果24-31
4.1 基于药效团模型策略实验结果24-26
4.2 基于定量构效联系策略实验结果26-28
4.3 结合两种筛选策略实验结果28-31
第五章 总结与展望31-33
5.1 总结31-32
5.2 展望32-33