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摘要：对国际生物信息学数据库挖掘,利用NCBI(National Center of Biological Information)中的GenBank信息资源,使用Entrez检索工具,和Blastn性检索工具,从中23属90种禾本科植物的rDNA中的ITS(Internal transcribed spacer)序列作为研究对象,本研究的目的是利用ITS核苷酸序列构建禾本科内典型植物的分子系统进化树,以便验证分子生物学手段在禾本科系统分类、进化研究中的应用价值,并增进对禾本科遗传背景及亲缘关系的了解,为禾本科杂交育种和优势利用中的亲本选择分子遗传学指标。本研究以生物信息学为基础,使用Entrez工具,对NCBI的GenBank数据库及其联的多个数据库的关键词检索,从中禾本科植物的rDNA的ITS完整序列,包括ITS1、5.8S、ITS2,然后Blastn以Entrez检索的序列内容为母本,对其性检索,从中同源序列,经过过滤、筛选后将所的序列在NCBI Sequence viewer中输出,每条序列以NCBI格式保存,以各序列NCBI Locus命名保存。使用DNAstar、Bioedit、包括一些DOS命令将所的序列经格式转换以后,导入到ClustalX中对23个属90个种同源序列比对,同源比较结果,并用对ITS序列了统计分析。将所的序列比对结果导入到Mega 3.0中,对其构建了NJ树、ME树、UPGMA树,用Phypps构建了MP树,对90种禾草植物的rDNA的ITS序列做了系统分类、亲缘关系和进化分析。结果,对禾草植物所做的ITS序列的系统分类基本与传统分类相吻合,但也有少数种有例外。从构建的系统树分析,可以各属之间的亲缘关系,从构建的系统树枝长上基本确定了各种禾本科植物的进化及起源时间,同时还了在使用GenBank等数据库数据挖掘时应的一些问题。关键词：生物信息论文ITS论文禾本科论文系统分类论文
摘要4-5
前言5-18
一、生物信息学的发展和现状5-9
二、禾本科植物系统分类的现状9-10
三、应用核酸分子植物系统分类10-17
四、禾本科内用rDNA的ITS系统分类研究的目的和17-18
与方法18-24
一、实验18
二、序列分析的工具软件18
三、研究方法18-24
结果与分析24-32
一、使用ClustalX多重比对排列24
二、序列的统计分析24-31
三、进化树分析31-32
讨论与32-40
一、序列比对中碱基序列可能出现的情况32-33
二、计算方法与进化树之间的关系33-34
三、利用ITS对禾本科植物系统分类与传统分类基本吻合34-35
四、进化树聚类分析中基本上确定了禾本科植物的亲缘关系35
五、从进化树枝长可以基本确定各种禾本科植物的进化和时间35-38
六、运用生物学数据时存在的问题38-40