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南海海域五种笛鲷SSR和Dloop序列

收藏本文 2024-04-06 点赞:21103 浏览:95300 作者:网友投稿原创标记本站原创

摘要:笛鲷属(Lutjanus)鱼类隶属鲈形目(Perciformes)笛鲷科(Lutjanidae),是广泛分布于热带和亚热带的岩礁鱼类,是我国南海海域的捕捞和海水网箱养殖对象之一。SSR标记和D-loop序列分析两种分子技术,分析三亚海域红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterus)的野生及养殖群体、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)的野生及养殖群体;湛江及三亚2个不同海域千年笛鲷(Lutjanus sebae)的养殖群体、孟加拉笛鲷(Lutjanus bengalensis)和四带笛鲷(Lutjanus kaira)的野生群体5种笛鲷10个群体的遗传多样性及群体分化。聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷(Lutjanus campechanus)和勒氏笛鲷(Lutjanus russelpi)的微卫星引物中筛选出适用于红鳍笛鲷、紫红笛鲷、千年笛鲷、孟加拉笛鲷和四带笛鲷的微卫星引物,结果:在千年笛鲷中有13对引物可扩增出性好的特异性条带;在紫红笛鲷和孟加拉笛鲷中都各有12对引物可扩增出性好的特异性条带;在红鳍笛鲷和四带笛鲷中都各有10对引物可稳定扩增出特异性条带。10个笛鲷群体的多态信息含量(polymorphi information content)在0.3854~0.5660的范围内,期望杂合度(Expected Heterozygosity)在0.4843~0.6141的范围内。SSR标记群体遗传变异的结果:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富;同种笛鲷不同群体间都存在不同的遗传分化。测定10个笛鲷群体84个个体的D-loop全序列,共检测到78种单倍型。10个群体的单倍型多样性为0.8930~1.0000,群体内核苷酸多样性(Pi)平均为0.0035~0.0229,平均核苷酸差异数(K)为3.0560~19.8570,与SSR技术所得一致:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富。这五种笛鲷中,紫红笛鲷养殖与野生群体之间的分化最大,遗传距离为0.1900;养殖千年笛鲷湛江与三亚群体之间的分化最小,遗传距离为0.0050。关键词:红鳍笛鲷论文千年笛鲷论文紫红笛鲷论文孟加拉笛鲷论文四带笛鲷论文SSR标记论文D-loop论文遗传多样性论文

    摘要6-7

    Abstract7-10

    1 绪论10-19

    1.1 生物多样性与遗传多样性10-11

    1.2 笛鲷属鱼类的分类及生存现状11-12

    1.2.1 笛鲷属鱼类的分类现状11-12

    1.2.2 笛鲷属鱼类的生存现状12

    1.3 笛鲷属鱼类遗传多样性的研究进展12-17

    1.3.1 形态学13

    1.3.2 细胞学13-14

    1.3.3 生物化学14

    1.3.4 分子14-17

    1.4 本研究的立题依据和17-19

    2 与方法19-28

    2.1 与试剂19-23

    2.1.1 实验鱼19

    2.1.2 主要药品及试剂19-20

    2.1.3 主要仪器设备20-21

    2.1.4 微卫星引物的筛选21-23

    2.2 实验方法23-28

    2.2.1 基因组DNA 的提取23-24

    2.2.2 微卫星 PCR24-26

    2.2.3 D-loop 控制区PCR26-28

    3 结果与分析28-52

    3.1 红鳍笛鲷和紫红笛鲷养殖与野生群体的结果与分析28-37

    3.1.1 两种笛鲷养殖和野生群体形态学差异28-29

    3.1.2 基因组DNA 的提取29

    3.1.3 SSR 技术实验结果29-34

    3.1.4 D-loop 控制区分析结果34-37

    3.2 湛江与三亚养殖千年笛鲷的结果与分析37-42

    3.2.1 基因组DNA 的提取37

    3.2.2 SSR 技术实验结果37-40

    3.2.3 D-loop 控制区分析结果40-42

    3.3 湛江与三亚野生孟加拉笛鲷和四带笛鲷的结果与分析42-49

    3.3.1 基因组DNA 的提取42

    3.3.2 SSR 技术实验结果42-47

    3.3.3 D-loop 控制区分析结果47-49

    3.4 五种笛鲷D-loop 区的聚类分析结果49-52

    4 讨论52-60

    4.1 红鳍笛鲷和紫红笛鲷养殖与野生群体的遗传多样性分析52-55

    4.1.1 两种笛鲷养殖与野生群体遗传多样性的SSR 数据分析52-53

    4.1.2 D-loop 区结果分析53-54

    4.1.3 SSR 标记和D-loop 区标记分析结果的比较54-55

    4.2 湛江与三亚养殖千年笛鲷的遗传多样性分析55-56

    4.2.1 千年笛鲷湛江与三亚养殖群体遗传多样性的SSR 数据分析55-56

    4.2.2 千年笛鲷D-loop 区序列变异及多样性分析56

    4.2.3 两种标记分析结果的比较56

    4.3 湛江与三亚野生孟加拉笛鲷和四带笛鲷的遗传多样性分析56-59

    4.3.1 两种笛鲷不同群体SSR 遗传多样性分析56-58

    4.3.2 D-loop 区全序列的测定及分析58

    4.3.3 SSR 标记和D-loop 区标记分析结果的比较58-59

    4.4 五种笛鲷D-loop 区的聚类分析59-60

    5 60-61

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